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使用conda/bioconda 安装各种生信分析软件

来源:图艺博知识网

偶然听得来神器,安装各种生信软件时自动配置所需环境,一键安装,解决各种环境配置烦恼。

一. 安装anaconda或者miniconda

wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.3.1-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-4.3.1-Linux-x86_64.sh

二. 使用conda安装我们所需的软件

使用conda可以安装python的各种包而不仅仅局限于安装生信分析的软件,使用conda安装我们需要的生信软件时,需要使用相应的bioconda channel,具体命令如下:

conda install --channel bioconda package
#一个栗子,安装bwa
conda install --channel bioconda bwa

三. 配置conda安装软件源

#在/home/user目录下创建.condarc文件
cd ~ ; vim .condarc
#在.condarc文件中写入如下内容,注意镜像地址放在最前,conda是从上往下寻找软件的
channels:  
  -   目前清华已有bioconda镜像源,使用起来速度更快
  -   
  - bioconda  
  - r  
  - defaults
show_channel_urls: true

配置好后就可以直接利用conda安装软件了 conda install biosoft

四. 不足以及解决方案

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