不严重
1、作废量如占有效使用量的比例不大，一般不会被特殊处理；
2、如果长此以往作废数量较多的，一旦受到主管税务机关的关注，税务机关会展开核查，会被予以警告处理（未予按照管理规定使用和保管），情节严重的，可能被责令整改（甚至停止供票处理）；
3、最有可能的是每月的领购限量会被减少（既然诸多作废仍可应对经营需求，证明使用量可以缩减），如果造成数量不能满足经营业务需求的，则可能会影响企业业务经营；
一、专用作废条件
专用作废需要同时具备：
(1)收到退回的联、抵扣联时间未超过销售方(或承运人)开票当月;
(2)销售方(或承运人)未抄税并且未记账;
(3)购买方(或实际受票方)未认证或者认证结果为‘纳税人识别号认证不符’、‘专用代码、号码认证不符’。
二、专用如何作废?
专用作废：一般纳税人在开具当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。同时在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用(含未打印的专用)各联次上注明“作废”字样，全联次留存。
三、货物运输业专用如何作废?
货物运输业专用作废：一般纳税人在开具当月，发生应税服务中止、折让、开票有误等情形，收到退回的联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。同时在货物运输业专用税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质(含未打印的)各联次上注明“作废”字样，全联次留存。
四、什么是专用最高开票限额?
专用实行最高开票限额管理。最高开票限额，是指单份专用开具的销售额合计数不得达到的上限额度。
最高开票限额的审批，为确认的税务行政许可事项。需要履行税务行政许可程序。
五、专用最高开票限额由哪级税务机关审批，审批的依据是什么?
最高开票限额由一般纳税人申请，由--市各区、县(地区)国家税务局税务所(具备管理职能的)依法审批。税务机关审批最高开票限额应进行实地核查。
税务机关应根据企业生产经营和产品销售的实际情况，对纳税人申请的专用最高开票限额进行审批，既要控制数量以利于加强管理，又要保证纳税人生产经营的正常需要。
法律依据
《中华人民共和国暂行条例》
第二十一条 纳税人发生应税销售行为，应当向索取专用的购买方开具专用，并在专用上分别注明销售额和销项税额。
属于下列情形之一的，不得开具专用：
（一）应税销售行为的购买方为消费者个人的；
（二）发生应税销售行为适用免税规定的。
